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| CNRS UMR 6236 - IRD 3R198 |
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Faculté de Médecine, 27, Bd Jean Moulin
13005
MARSEILLE
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| 04 91 32 44 80 |
| 04 91 38 77 72 |
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didier.raoult@gmail.com
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| http://ifr48.timone.univ-mrs.fr/portail2/ |
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RAOULT Didier
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DRANCOURT Michel (adjoint)
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Enseignants Chercheurs :
34
Chercheurs :
16
IATOS :
13
ITA :
37
Doctorants :
40
Post doc :
8
Visteurs étrangers : :
8
Contractuels :
1
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UNIVERSITE DE LA MEDITERRANEE (AIX-MARSEILLE II)
CNRS
AP-HM
IRD
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| Nom | Responsable(s) |
| 1- Physiopathologie des infections à bactéries intracellulaires | Jean Louis MEGE |
| 2- Microbiogénomique et Paléomicrobiologie | Michel DRANCOURT |
| 3- Base moléculaire des traitements en maladies infectieuses | Jean Marc ROLAIN |
| 4- Bactéries de l’environnement, bioterrorisme et pneumonies | Bernard LA SCOLA |
| 5 – Veille et modèles entomologiques des maladies vectorisées ubiquitaires et tropicales émergentes | Philippe BROUQUI |
| 6 - Unité des Rickettsies et des pathogènes émergents | Didier RAOULT |
| 7 - Maladies émergentes et moustiques | Christophe ROGIER |
| 8 - Infections respiratoires sévères émergentes et leur prise en charge | Laurent PAPAZIAN |
| 9 - Pathologies émergentes et ré-émergentes en Afrique | Jean-François TRAPPE |
| Projet de création d’une entreprise innovante : AmiKana.BioLogics | Pablo GLUSCHANKOF |
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| DS 5 | Biologie, Médecine, Santé |
| DS 5 | EN Biologie, Médecine, Santé |
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| Microbiologie, Immunologie, Génétique, Biologie Moléculaire, Physiopathologie, Microbiogénomique, Paleomicrobiologie, Bactéries de l'environnement, Bioterrorisme, Pneumonies, Maladies Vectorisées Ubiquitaires et Tropicales, Paludisme |
La création de l'unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales émergentes (URMITE) répond à un besoin de recherche transversale et intégrée. L'objectif de création de cette unité est de réaliser la coordination d'un plateau technique de grande qualité, doté d’ingénieurs responsables qualifiés, de chercheurs expérimentés dans le domaine de la microbiologie, de l'infectiologie et de la physiopathologie des infections, avec de la recherche clinique de haut niveau. Cette stratégie au cours des dernières années a permis de jouer un rôle déterminant dans l'identification ou la reconnaissance de plus 50 microorganismes pathogènes pour l'homme. Parmi, les plus aisément identifiés les Rickettsies et les Bartonella, l'agent de la maladie de Whipple, Mimivirus et de nombreux microorganismes associés aux amibes, de même qu'un nouveau phylum de Chlamydia.
Dans le passé, le noyau dur de la présente UMR 6236 a été constitué par l'Unité des Rickettsies et des pathogènes émergents (D. Raoult) qui a mis en place une recherche intégrée au cours du temps sur ces différents aspects. Nous avons exploré les aspects cliniques, épidémiologiques, mis au point l'ensemble des stratégies diagnostiques actuellement utilisées, ce qui a permis un certain niveau de valorisation et la mise en place d'approches fondamentales sur le plan microbiologique (avec la génomique et la protéomique). Ces éléments ont ensuite été appliqués à d'autres domaines dans la même unité comme les Bartonelloses, la fièvre Q puis la maladie de Whipple. Enfin, les mycobactéries sont devenues (sous l'impulsion de M. Drancourt), un thème majeur de l'unité qui fait partie des sites ayant identifié le plus de nouvelles mycobactéries pathogènes pour l’homme dans le monde ces dernières années. Par ailleurs, la génomique nous a servi de point d'articulation pour décliner les études concernant les micro-organismes pathogènes et notre centre est l’un des tout premiers au monde dans la production de génomes bactériens pathogènes. La connaissance du génome permet de mettre en place des études post-génomiques, protéomiques et immuno-protéomiques pour identifier des protéines candidates sur le plan de la sérologie ou de la vaccination. La transcription pour étudier les profils transcriptionnels de l'hôte et de la bactérie, au cours des infections et des études phénotypiques déduites de l'étude du génome pour la mise au point de milieu de culture. La connaissance du génome permet de mettre en place les études post-génomiques, l'étude de la protéomique et de l'immuno-protéomique pour identifier des protéines candidates sur le plan de la sérologie ou de la vaccination. La transcription pour étudier les profils transcriptionnels de l'hôte et de la bactérie, au cours des infections et des études phénotypiques déduites de l'étude du génome pour la mise au point de milieu de culture.
L’approche physiopathologique des maladies infectieuses est un aspect important dans la compréhension des mécanismes qui président à leur développement. Elle a été principalement portée par l’équipe de JL. Mège. L’originalité de son approche est de s’appuyer sur des questions issues de l’observation clinique et d’y appliquer une approche transdisciplinaire dans laquelle l’immunité innée occupe une place prépondérante. Le principal bilan de cette équipe a été l’évaluation des paramètres immunitaires innés au cours de la fièvre Q et de la maladie de Whipple, deux maladies infectieuses dans lesquelles le macrophage est essentiel, et la mise au point de modèles animaux d’infection et de modèles physiopathologiques. Ses objectifs pour le prochain plan quadriennal visent à développer les trois axes suivants : I - Développer l’étude ex vivo des réponses immunes chez les patients atteints de maladies infectieuses y compris les maladies infectieuses émergentes ; II - Etudier l’infection des cellules cibles par les agents infectieux intracellulaires; III - Développer une approche intégrée des maladies infectieuses via des modèles animaux spécifiques
Depuis 4 ans sur le plan virologique, la découverte de Mimivirus a fait rentrer ce virus (qui est le plus gros connu actuellement dans le monde) dans les thèmes majeurs de l'unité en déclinant les mêmes différents points. Dans le domaine du virus HIV, l'intégration de l'équipe hospitalo-universitaire de C. Tamalet et de Ph. Colson permet d'intégrer une recherche thérapeutique et préventive. Par ailleurs, l’arrivée d’une équipe de chimistes permettra de faire entrer une compétence indéniable en thérapeutique.
Dans le cadre du contrat quadriennal actuel, l'intégration de l'équipe de J Gysin (Institut Pasteur) et celle de C. Rogier (Service de Santé des Armées), nous permettent de renforcer le pôle paludisme avec des approches épidémiologiques, diagnostiques et thérapeutiques nouvelles qui viennent compléter la stratégie actuelle. Cette approche est complémentaire de celle des autres stratégies diagnostiques et thérapeutiques des maladies vectorisées cosmopolites et tropicales.
Par ailleurs, depuis plusieurs années nous avons développé des collaborations extrêmement fructueuses avec des cliniciens particulièrement actifs dans le domaine de la recherche biomédicale.
La spécificité de cette nouvelle UMR permet d'approcher le diagnostic et l’identification des pathogènes émergents par espèce ou par pathologie. Ainsi la recherche sera-t-elle focalisée sur les infections après piqûre de tique, l'infection bactérienne et la grossesse, l'endocardite, les pneumonies émergentes sévères en réanimation, les infections émergentes au cours de la mucoviscidose, enfin les infections chez les SDF. Ces domaines ont tous fait l'objet de publications de haut niveau au cours des dernières années et ont permis aux acteurs de commencer à travailler ensemble :
Au total, dans le présent projet nous nous proposons d'avoir une recherche intégrée comportant une approche clinique, épidémiologique, diagnostique, biologique fondamentale sur les pathogènes, physiopathologique, thérapeutique et de valorisation concernant 8 groupes de pathogènes et 6 groupes d'infections.
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1 - Physiopathologie des infections à bactéries intracellulaires
2 - Microbiogénomique et Paléomicrobiologie
3 - Base moléculaire des traitements en maladies infectieuses
4 - Bactéries de l’environnement, bioterrorisme et pneumonies
5 - Veille et modèles entomologiques des maladies vectorisées ubiquitaires et tropicales émergentes
6 - Unité des Rickettsies et des pathogènes émergents
7 - Maladies émergentes et moustiques
8 - Infections respiratoires sévères émergentes et leur prise en charge
9 - Pathologies émergentes et ré-émergentes en Afrique
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Plateau expérimentation :
- Animalerie, expérimentation animale et production d'anticorps
- Laboratoire de sécurité biologique de niveau 3
- Maintenance des systèmes de froid et stockage
- Culture et souchier des microorganismes fastidieux
- Insectarium
Plateau pour l'étude des protéines et des génomes bactériens et viraux :
- Génomique
- Bioinformatique
- Plate-forme protéomique et immuno-protéomique
- expression fonctionnelle des protéines
Plateau microscopie pour l'étude morphologique et fonctionnelle des cellules
- Microscope électronique à transmission Morgagni 268D de Philips équipé d’un logiciel d’utilisation
- Microscopes optiques
- Microscope a microdissection laser:
- Microscope électronique à transmission
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- University of California, San Francisco, USA (E.J. BROWN)
- Institute of Virology, Bratislava, SLOVAKIA (R. TOMAN)
- St. Jude Children's Research Hospital, Memphis, TN, USA (P.J. MURRAY)
- U. Mass Medical School, Worcester, MA, USA (H. KORNFELD)
- College of Veterinary Medicine, Texas A&M University, College Station, TX, USA (M. IHRIG)
- Research Institute for Microbial Diseases, Osaka University, Suita, Osaka, JAPAN (S. AKIRA)
- Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics, Dresden, GERMANY (M. ZERIAL)
- Swiss Federal Institute of Technology (ETH), Institute of Molecular Systems Biology, Zurich, SWITZERLAND (L. PELKMANS)
- Applied and functional Center for infections health protection agency, London, UK (C. ARNOLD)
- Department of orthodontics, Dental School, University of Athens, GREECE (J. MANOLIS PAPAGRIGORAKIS)
- Department of Microbiology, University College Cork, Cork, IRELAND (M. PRENTICE)
- Faculté de Médecine, Pharmacie et d’Odontostomatologie de Bamako, Université du Mali, MALI (O. DOUMBO)
- Laboratoire de Parasitologie Mycologie, CHU Habib Bourguiba. Université de Sfax, TUNISIE (A. AYADI)
- TROPMED EUROP
- International Society of Travel Medicine CDC (GEOSENTINEL)
- Europe et ECDC (EUNID/EURONHID)
- Armed Forces Research Institute of Medical Sciences (AFRIMS), Bangkok, THAILAND
- Institut de Recherche pour le Développement, UR34, Bangkok, THAILAND (IRD)
- Microbiology and Tumor Biology Center, Karolinska Institutet, Stockholm, SWEDEN (F.M. WAHLGREN)
- N.I.H., Bethesda, Washington DC. USA (L. H. MILLER)
- Seattle Biomedical Research Institute, Seattle, USA (P. DUFFY, M. FRIED, J. SMITH)
- Hygiene-Institut, Heidelberg, GERMANY (M. LANZER)
- Liverpool School of Tropical Medicine, Liverpool, UK (A. CRAIG)
- Dept. of Immunology, Stockholm, SWEDEN (K. BERZINS)
- Centre for Medical Parasitology, University of Copenhagen, DENMARK (T. THEANDER, L. HVIID)
- Univ. Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Dep. Parasitologia Campinas – SPL. H. BRASIL (F. COSTA)
- CEPEM-CEMETRON, Rondonia, BRASIL (L. H. PEREIRA da SILVA, P.A. NOGUEIRA)
- Hopital A. Schweitzer, Lambarene, GABON (P. KREMSNER)
- Intl. Ctr. For Genet Eng & Biotech. Malaria group. Arunga Asaf Ali Marg Delhi, INDIA (C. CHITNIS)
- IRD - UR 077 - Dakar – SENEGAL - Yaoundé – CAMEROUN (JF. TRAPE, L. BASKO)
- IRD - UR024 - Unité (EPIPREV) - Dakar – SENEGAL (F. REMOUE, F SIMONDON)
- Malaria Research and Training Center, University of Bamako, Bamako, MALI (O. DOUMBO)
- Medical Research Unit Albert Schweitzer Hospital, Lambaréné, GABON (P. KREMSNER)
- Département de Parasitologie-Mycologie, Faculté de Médecine, Université des Sciences de la Santé, Libreville, GABON (M. KOMBILA)
- Hôpital Principal de Dakar - Dakar – SENEGAL (B. WADE, B. DIATTA)
- Service d’Epidémiologie, Institut Pasteur de Dakar, Dakar – SENEGAL (A. TALL)
- Institut Pasteur de Madagascar - Tananarive, MADAGASCAR (D. MENARD,R. MILIJAON)
- Centre Pasteur du Cameroun, Yaoundé, CAMEROUN (R. POUILLOT, D. ROUSSET)
- Centre Muraz - Bobo-Dioulasso, BURKINA-FASO (H. TINTO)
- Centre Pierre Richet, Bouaké, COTE d'IVOIRE (S. ASSI)
- Institut Pasteur du Cambodge, Phnom-Penh, CAMBODGE (F. ARIEY, N. STEENKESTE)
- Faculty of Health Sciences, University of BUEA, Buea – CAMEROUN (E. ACHIDI, C. EBOUMBOU)
- Faculté de Médecine et des Sciences Biomédicales, Univ de Yaoundé -Yaoundé – CAMEROUN (A. SAME EKOBO)
- Molecular & Biological Parasitology Group, Liverpool, UK (P. BRAY
- Department of Microbiology & Immunology, Albert Einstein College of Medicine, New York, USA (D. FIDOCK)
- Department of experimental therapeutics, Walter Reed Army Institute of Research, Washington, USA (C. OHRT)
- J. PUGIN - Genève, SWITZERLAND
- Instituto de Tumori (Milan)
- National Cancer Center (Tokyo) :
Centres collaborateurs OMS sur les rickettsioses
- Gamaleya Institute (Russie)
- Slovak Academy of Science (Slovaquie)
- Center for Diseases Controls (Atlanta – USA)
- Center for Tropical Diseases (Galveston, USA)
- Center for Tropical Diseases (Heraklion, Grèce)
Collaborations internationales autres
- SHANGAI II L’Université de BEIJING
- SPS pour le Japon
- OMSK Scientific Research Institute of Natural Foci Infections à OMSK
- Hôpital de Tunis (Tunisie)
- Université de Sfax (Tunisie)
- Hôpital de Batna (Algérie)
- Hôpital de Bamako (Mali)
- Welcome trust d’Oxford (Grande-Bretagne) et Hôpital de Ventiane (Laos)
- Hôpital de Tamilnadu (Inde)
- Hôpital de Bangkok (Thaïlande)
- Institut Pasteur Alger (Algérie)
- Université d’Edirne (Turquie)
- Université de Palerme (Italie)
- Institut Vétérinaire de Palmerston (Nouvelle-Zelande)
- Hôpital d’Oslo (Norvège)
Programmes européens
- Recherche sur la maladie de Whipple
- Réseau sur les maladies transmises par les tiques
- Laboratoire de référence : contrôle externe
- HIV
- Programmes européens
- Suède : S. Vene – Stockholm
- Suisse : O. Peter – Sion
- USA : C. Paddock - CDC
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European network on Tropheryma whipplei infection (http://www.eurice.info/typo3sites/index.php?id=167&L=2). Ce réseau comporte 8 autres partenaires européens: Universitaet des Saarlandes (Homburg, Allemagne, Pr A. Stallmach), DRK Krankenhaus (Neuwied, Allemagne, Pr G.E. Feurle), Katholieke Universiteit (Leuven, Belgique, Pr N. Ectors), Medizinische Universitaet (Wien, Autriche, Pr C. Müller), Max-planck-Gesellschaft zur Foerderung der Wissenschaften (Berlin, Allemagne, pr H. Lehrash), Charite Universtaetmedizin (Berlin, Allemagne, Pr T. Schneider), IRCCS Policlinico San Matteo (Pavia, Italie, Pr G. Corrazza, ), Deutsche Klinik für Diagnostik (Wiesbaden,V, Pr T. Marth). Ce réseau est un groupe de services cliniques et de laboratories de recherche sur la maladie de Whipple, notamment l’épidémiologie, le diagnostic et le traitement .
European Network Ticks Borne Diseases. Ce réseau comporte 4 autres partenaires européens: Hospital de la Rioja (Logrono, Espagne, Dr JA. Oteo Revuelta), Center for tick borne diseases (Budapest, Hongrie, Dr A. Lakos), Divisione maladi infettive (Belluno, Italie, Dr E. Francavilla), Research Center for Zoonotic Ecology and Epidemiology (Kalmar, Suède, Dr A. Bjoersdorff). Ce réseau est dédié à la recherche sur les agants pathogènes transmis par les tiques.
European Virtual Institute for Functional Genomics of Bacterial Pathogens (Network of excellence). (http://www.uni-wuerzburg.de/infektionsbiologie/EU-Projects/eu_projects.htm). Ce réseau comporte 34 partenaires européens. Ce réseau rassemble plusieurs groupes identifiés comme les plus performants en Europe dans la génomique des bactéries pathogens afin d’établir une plateforme compétitive de connaissance, d’expertise et de technologie. Ce réseau a pour objet la promotion de la découverte de nouveaux outils de diagnostic, de nouveaux agents pathogènes et de nouveaux antigènes. Le réseau doit permettre de proposer des enseignements de très haut niveau pour des étudiants de troisième cycle.
Array technologies for BSL3 and BSL4 pathogens project. Ce réseau comporte 14 partenaires européens. L’objectif de cette action et d’améliorer les connaissances sur les agnets de classe 3 et 4 afin de promouvoir le développement d’outils de diagnostic, de vaccins et de traitements. Une meilleure connaissance de lépidémiologie de ces agents potentiels de bioterrorisme fait aussi partie des objectifs.
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L’unité des Rickettsies est à l’initiative d’un projet d’Infectiopole regroupant les services cliniques de maladies infectieuses et tropicales et les unités qui en dépendent (CISIH, CLIN), les laboratoires de Microbiologie clinique, Parasitologie et Mycologie médicales, les structures de recherche en maladies transmissibles dont l’Unité des Rickettsies, la Fédération d’Enseignement des Maladies Transmissibles et Microbiologie, et la structure de valorisation. Il s’agit d’un projet dimensionné actuellement à 25 M €. Par ailleurs, l’Unité des Rickettsies est partenaire du pôle de compétitivité ORPHEME comprenant un axe Maladies Infectieuses Emergentes. Enfin, l’Unité des Rickettsies organise l’opération Séquençage en Microbiologie de Marseille-Nice-Génopole, dont M. DRANCOURT est Directeur.
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La valorisation est réalisée selon deux axes complémentaires. L’activité de dépôt de brevets comporte 19 brevets internationaux dans le domaine du diagnostic moléculaire et sérologique en microbiologie entre 1994 et 2005.
Par ailleurs, l’Unité des Rickettsies valorise son expertise dans le diagnostic sérologie des maladies infectieuses au travers d’une entreprise innovante « InoDiaG » qui commercialise des instruments et réactifs pour la sérologie automatisée par immunofluorescence indirecte. Cette activité de valorisation est réalisée dans le cadre de la loi sur l’innovation.
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http://139.124.153.239/portail2/index.php?option=com_content&task=view&id=17
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1.Bechah Y, Capo C, Raoult D, Mege JL. Infection of endothelial cells with virulent Rickettsia prowazekii increases the transmigration of leukocytes. J Infect Dis 2008; 197(1):142-147.
2. Charrel RN, de Lamballeire, X, Raoult D. Seasonality of mosquitoes and chikungunya in Italy. Lancet Infect Dis 2008; 8(1):5-6.
3. Fournier PE, Siritantikorn S, Rolain JM et al. Detection of new genotypes of Orientia tsutsugamushi infecting humans in Thailand. Clin Microbiol Infect 2008; 14(2):168-173.
4. Lepidi H, Casalta JP, Gouriet F, Collart F, Habib G, Raoult D. Infective endocarditis incidentally discovered by pathological examination. J Clin Pathol 2008; 61(2):233-234.
5. Levy PY, Habib G, Reynaud-Gaubert M, Raoult D, Rolain JM. Pericardial effusion due to Cryptococcus neoformans in a patient with cystic fibrosis following lung transplantation. Int J Infect Dis 2008; [Epub ahead of print].
6. Li W, Fenollar F, Rolain JM et al. Genotyping reveals a wide heterogeneity of Tropheryma whipplei. Microbiology 2008; 154(521):527.
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