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Laboratoire de Chimie Bactérienne

Num. UPR 9043
Sigle L.C.B.
Adresse C.N.R.S.31, Chemin Joseph Aiguier 13009 MARSEILLE
TEL. 04.91.16.40.77
FAX 04.91.71.89.14
Email lcb-sec@ibsm.cnrs-mrs.fr
Site Web http://www.lcb.cnrs-mrs.fr
Directeur(s) BARRAS Frederic
Effectifs Enseignants Chercheurs : 14
Chercheurs : 18
IATOS : 1
ITA : 20
Doctorants : 21
Post doc : 7
Visteurs étrangers : 1
Contractuels : 7
Tutelles CNRS, Université Aix-Marseille II
UNIVERSITE DE PROVENCE (AIX-MARSEILLE I)
Equipes de Recherche
NomResponsables(s)
Adaptation d’Escherichia coli à la phase stationnaireMoreau Patrice
Architecture fonctionnelle des cellules bactériennes Wu LongFei
Biogenèse des métalloprotéines et respiration anaérobie chez les microorganismesMagalon Axel
Biogenèse et régulation de systèmes respiratoires anaérobiesMejean Vincent
Biologie cellulaire de la motilité bactérienneMignot Tâm
Cellulosomes et dégradation des polymères végétauxTardif Chantal
Cycle phagique et métabolisme bactérienAnsaldi Mireille
Différenciation cellulaire microbienne.Zhang Cheng-Cai
Etude génétique du métabolisme énergétique d’Acidithiobacillus ferrooxidans et de Thiomonas sp.Bonnefoy Violaine
Génome, Evolution et BioinformatiqueTalla Emmanuel
La répression catabolique chez Bacillus subtilisGalinier Anne
Stress oxydant : adaptation et réparation chez les entérobactériesBarras Frédéric
Transporteurs ABC chez Bacilus Subtilis.Floglino Maryline
Variabilité phénotyque au cours du processus de vieillessement : oxydation des macromléculesDukan Sam
Disciplines d'appartenances DS 5 Biologie, Médecine, Santé
Spécialités MICROBIOLOGIE
Présentation Les 11 équipes de l’Unité effectuent toutes des recherches sur le monde bactérien. Nos recherches s’inscrivent dans deux objectifs majeurs :
(i) utiliser les systèmes bactériens pour décrire le fonctionnement et les mécanismes du Vivant
(ii) découvrir et analyser les mécanismes la diversité du monde bactérien.
Axe vertical : les systèmes bactériens étudiés.
A côté des bactéries modèles, Escherichia coli et Bacillus subtilis, nous étudions des bactéries marine (Shewanella) pathogène de plante (Erwinia) ou de mammifères (Escherichia coli O157), des bactéries douées de capacités bioremédiantes, (Acidithiobacillus ferrooxidans et Thiomonas), des cyanobactéries et des bactéries magnétotactiques.
Axes horizontaux : les thématiques.
Plusieurs thèmes fédérateurs émergent comme autant d’axes horizontaux : Régulation de l’expression génétique, Maturation, repliement et adressage des protéines, Physiologie et métabolisme. Par ailleurs, une nouvelle plate forme, s’adossant aux compétences de l’Unité et à sa connaissance des divers modèles, a pour objectif de développer des biosenseurs bactériens vivants.
Principaux Thèmes de Recherche Cycle phagique et métabolisme bactérien
Stress oxydant : adaptation et réparation chez les entérobactéries
Etude génétique du métabolisme énergétique d’Acidithiobacillus ferrooxidans et de Thiomonas sp.
Variabilité phénotyque au cours du processus de vieillessement : oxydation des macromlécules
Transporteurs ABC chez Bacillus subtilis : fonctionnement et régulation
La répression catabolique chez Bacillus subtilis
Biogenèse des métalloprotéines et respiration anaérobie chez les microorganismes
Biogenèse et régulation de systèmes respiratoires anaérobies
Biologie cellulaire de la motilité bactérienne
Adaptation d’Escherichia coli à la phase stationnaire
Génome, Evolution et Bioinformatique
Cellulosomes et dégradation des polymères végétaux
Architecture fonctionnelle des cellules bactériennes
Différenciation cellulaire microbienne et signalisation
Biosenseurs
Plateaux techniques - Equipements remarquables Biosenseurs bactériens
Plateaux techniques de l’IFR et Marseille Génopôle (Transcriptome, Protéome, Fermentation)
Collaborations Internationales La plupart des équipes ont noué des collaborations internationales dans leurs domaines d’expertise
Projets européens BIOMINE (Participant V. BONNEFOY)
TAT MACHINE (Participant L.F. WU)
NILE (Participant C. TARDIF)
Projets thématiques de grande envergure Human Frontier Scientific Program
ANR Stress oxydant (Coordonateur F.BARRAS)
Annuaire du personnel http://www.lcb.cnrs-mrs.fr/spip.php?rubrique6



Publications
  • 2007
    http://www.lcb.cnrs-mrs.fr/spip.php?rubrique4
  • 2006
    Ballesteros M., Dukan S., Fredriksson A., Nystrom T.
    Induction of the heat shock regulon in response to increased mistranslation requires oxidative modification of the malformed proteins.
    Mol Microbiol. 2006 Jan. 59(1) : 350-359

  • 2005
    Aussel L., Barras F. and Ezraty B.
    Methionine sulfoxide reductases in prokaryotes
    Biochim. Biophys. Acta 1703 : 221-229

    Aussel L., Barras F., Bos J. and Ezraty B
    Methionine sulfoxide reduction and assimilation in Escherichia coli: new role for the biotin sulfoxide reductase BisC
    J. Bacteriol. 187 : 231-237

    Barras F., Fontecave M., Ollagnier-de Choudens S. and Py B.
    Mechanisms of iron-sulfur cluster assembly: the SUF machinery
    J. Biol. Inorg. Chem. 7 : 1-9

    Barras F, Loiseau L, Py B
    How Escherichia coli and Saccharomyces cerevisae build Fe-S proteins
    Adv. in Bacterial Physiol. 50 : 41-101

    Barras F., Fontecave M., Forest E., Lascoux D., Loiseau L. and Ollagnier-de Choudens S.
    Analysis of the heteromeric CsdA-CsdE cysteine desulfurase, assisting Fe-S cluster biogenesis in Escherichia coli
    J. Biol. Chem. 280 : 26760-26769

    Barras F., Devred F., Derrick P. J., Ezraty B., Lafitte D., Makarov A.A., Mitchell J. K., Peyrot V. and Tsvetkov P.O.
    Calorimetry and mass spectrometry study of oxidized calmodulin interaction with target and differential repair by methionine sulfoxide reductases
    Biochimie 87 : 473-480

    Amils R., Bonnefoy V., Brasseur G., Bruscella P., Cassagnaud L., Lojou E. and Ratouchniak J.
    The HiPIP from the acidophilic Acidithiobacillus ferrooxidans is correctly processed and translocated in Escherichia coli, in spite of the periplasm pH difference between these two microorganisms
    Microbiology 151 : 1421-1431

    Ballesteros M., Cuny C., Dukan L., Dukan S.and Fraysse L.
    Investigation of the first events leading to loss of culturability during Escherichia coli starvation: future nonculturable bacteria form a subpopulation.
    J Bacteriol. 2005 Apr. 187(7) : 2244-2248

    Ballesteros M., Dukan S., Fredriksson A., Nystrom T.
    Defense against protein carbonylation by DnaK/DnaJ and proteases of the heat shock regulon.
    J Bacteriol. 2005 Jun. 187(12) : 4207-4213.

    L. A. Patino, M. Chippaux, P. Courvalin and B. Perichon.
    Silencing of glycopeptide resistance in Enterococcus faecalis BM4405 by.novobiocin.
    Antimicrobial Agents and Chemotherapy 49: 1419-1425

    Bettler E., Bockmann A., Emsley L., Galinier A., Juy M., Lesage A. and Penin F.
    Water-protein hydrogen exchange in the micro-crystalline protein crh as observed by solid state NMR spectroscopy.
    J Biomol NMR 32 : 195-207

    Foulquier E., Galinier A. and Gorke B.
    YvcK of Bacillus subtilis is required for a normal cell shape and for growth on Krebs cycle intermediates and substrates of the pentose phosphate pathway
    Microbiol 151: 3777-3791

    Bertrand P., Blasco F., Grimaldi S., Guiglarelli B. and Lanciano P.
    Evidence for an EPR-detectable semiquinone intermediate stabilized in the membrane-bound subunit NarI of nitrate reductase A (NarGHI) from Escherichia coli.
    Biochemistry 44 : 1300-1308.

    Ilbert M., Iobbi-Nivol C. and Méjean V
    Functional and structural analysis of members of the TorD family, a large chaperone family dedicated to molybdoproteins.
    Microbio. 150 : 935-943.

    Ansaldi M., Bordi C., Gon S., Iobbi-Nivol C., Jourlin-Castelli C. and Méjean V.
    Genes regulated by TorR, the trimethylamine oxide response regulator of Shewanella oneidensis.
    J. Bacteriol. 186 : 4502-4509.

    Ansaldi M., Méjean V. and Théraulaz L.
    TorI, a response regulator inhibitor of phage origin in Escherichia coli.
    Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101 : 9423-9428

    Moreau P.L.
    Diversion of the metabolic flux from pyruvate dehydrogenase to pyruvate oxidase decreases oxidative stress during glucose metabolism in nongrowing Escherichia coli cells incubated under aerobic, phospate starvation conditions
    J. Bacteriol. 186 : 7364-7368

    Anthouard V., Bouchier C., Dujon B., Frangeul L. and Talla E.
    The complete mitochondrial genome of the yeast Kluyveromyces thermotolerans
    FEBS Lett. 579 : 30-40

    Andre B., Bon E., De Montigny J., Dujon B., Garcia-Martinez J., Gaillardin C., Guldener U., Kaps A., Kastenmuller G., Lemer C., Mew ,Michael H., Munsterkotter M., Perez-Ortin J.E., Richelles J., Souciet J.L., Strack N., Talla E., Van Helden J. and Wodak S..J.
    CYGD: the Comprehensive Yeast Genome Database
    Nucleic Acids Res. 33 : D364-D368

    Colombo T. and Quentin Y.
    Analyse du contexte génétique d'un gène
    Actes des Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques Lyon, France, juillet 2005 : 55-65

    Decorps A., Pradel N., Santini C.-L., Wu L.-F. and Ye C.-Y.
    YidC-dependent translocation of green fluorescence protein fused to the FliP cleavable signal peptide.
    Biochimie. 87 : 191-196

    Gérard F., Pradel N. and Wu L.-F.
    Bactericidal activity of colicin V is mediated by an inner membrane protein SdaC of Escherichia coli.
    J. Bacteriol. 187 : 1945-1950

    Guedeney G., Hagemann M., Havaux M., Jeanjean R., Matthijs H.C., Yeremenko N.
    The chlorophyll-binding protein IsiA is inducible by high light and protects the cyanobacterium Synechocystis PCC6803 from photooxidative stress.
    FEBS Lett. 579 :2289-2293

    Havaux M., Jeanjean R., Krasikov V., Matthijs H.C., Nixon P.J., Prommeenate P., Vermaas W.F. and Yeremenko N.
    Open Reading Frame ssr2016 is Required for Antimycin A-Sensitive Photosystem I Driven Cyclic Electron Flow in the Cyanobacterium Synechocystis sp.PCC 6803.
    Plant Cell Physiol. 46 :1433-1436

    Bédu S., Chen H., Laurent S., Peng L., Zhang C.-C. and Ziarelli F.
    Nonmetabolizable analogue of 2-oxoglutarate elicits heterocyst differentiation under repressive conditions in Anabaena sp. strain PCC 7120.
    Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 102 : 9907-9912

    Geiselmann J., Latifi A. and Lemeille S.
    Inferring the connectivity of a regulatory network from mRNA quantification in Synechocystis PCC6803.
    Nucleic Acids Research 33 : 3381-3389

    Geiselmann J., Latifi A. and Lemeille S.
    Crosstalk regulation among group 2-sigma factors in Synechocystis PCC6803.
    BMC Microbiol. 5 : 18

    Havaux M., Jeanjean R., Latifi A., Lemeille S. and Zhang C.-C.
    Iron starvation leads to oxidative stress in Anabaena sp. strain PCC 7120.
    J. Bacteriol. 187 : 6596-6598.

    Chen W.-L., Li J.-H., Sakr S., Wang L., Wei X.-Y. and Zhang C.-C.
    Trans-splicing of split DnaE intein in vitro and in vivo in the developmental cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120.
    Res. Microbiol. (In press)

    Jang J., Sakr S., Wang L. and Zhang C.-C.
    Protein phosphorylation on Ser, Thr and Tyr residues in cyanobacteria.
    J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 9 : 154-166

    Bao Q., Chen W.-L., Wang L., Yang H.-M., Zhang C.-C., Zhang J.-Y. and Zou J.
    A lithium-sensitive and sodium-tolerant 3’-phosphoadenosine-5’-phosphatase encoded by halA from the cyanobacterium Arthrospira platensis is closely related to its counterparts from yeasts and plants.
    Appl. Environ. Microbiol. 72 : 245-251

    Bédu S., Laurent S., Peng L., Sakr S. and Zhang C.-C.
    Heterocyst differentiation and pattern formation in cyanobacteria: a chorus of signals.
    Mol. Microbiol. 59 : 367-375

    Liu X.X., Qu F., Wu J., Xiao M., Zhang C.-C., Zhang J.-Y. and Zou J.
    C.-C., & Peng, L. (2006) Cooperative binding and self-assembling
    behavior of cationic low molecular-weight dendrons with RNA molecules.
    Org. Biomol. Chem. (In press)

    Arcondéguy T., Jeanjean R., Sakr S. and Zhang C.-C.
    Inhibition of cell division suppresses heterocyst development in
    Anabaenasp. strain PCC 7120.
    J. Bacteriol. 188(4) (In press)

 
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