La politique de formation par la recherche à l'Université de la Méditerranée est basée sur les 8 Ecoles Doctorales dont 7 en commun avec au moins une autre université d’Aix-Marseille (environ 1000 doctorants) qui organisent l’ensemble de la formation par la recherche tout au long des quatre années dans les disciplines suivantes :
Consciente que près des 2 / 3 des docteurs ne trouvent pas d’emplois dans l’enseignement supérieur ou les EPST, l’Université de la Méditerranée souhaite favoriser leur insertion dans le monde économique. Pour être plus performant dans le monde économique, il convient de bien le connaître, c’est là une mission fondamentale que l’Université confie aux Ecoles Doctorales. Elles seront les moteurs des Doctoriales qu’organisera l’Université en étroite collaboration avec les deux autres Universités d'Aix-Marseille.
L’Université a mis en place, avant même les textes ministériels une Charte des Thèses. Cette Charte prévoit, entre autres, qu’une thèse ne peut être soutenue à l’Université de la Méditerranée qu’après acceptation d’une publication dans une revue à comité de lecture. Les Ecoles Doctorales proposent chaque année au Conseil Scientifique des candidats pour les Prix de Thèse de l’Université qui récompensent les meilleurs doctorants et l’excellence de leurs travaux.
Les Ecoles Doctorales ont en charge le développement d’une politique de Relations Internationales conforme aux objectifs fixés par l’Université et en liaison avec son Service des Relations Internationales en particulier dans le cadre de co-tutelles internationales de thèses. Elles assurent la coordination du suivi des étudiants après la thèse et jusqu’à l’obtention d’un emploi stable. La Direction de la Recherche de l’Université centralise toutes les informations provenant des Ecoles Doctorales et fournit un état permanent de l’insertion professionnelle des doctorants.